LOIS LANE ARRIVA A SMALLVILLE, CLARK VOLA E MARGOT KIDDER FA DA GUEST STAR - Clark ritorna a Smallville riprogrammato come Kal-El. Intenzionato a compiere il suo destino, Kal-El vola per rubare un potente cristallo di kryptonite. Determinata a salvare il figlio , Martha si rivolge all’emissaria del Dr. Swann, Bridgette Crosby (Margot Kidder), e impara qualcosa riguardo a una sorprendente nuova forma di kryptonite. Nel frattempo, Lois Lane (Erica Durance) arriva in città per investigare sulla morte di sua cugina Chloe. Anche Lana torna da Parigi con un nuovo modo di comportarsi e un nuovo ragazzo (Jensen Ackles), Jonathan è in coma, e Lionel affronta una nuova triste vita in prigione.
Clark fa il suo ritorno a Smallville dopo 3 mesi di assenza durante i quali era stato riprogrammato dal padre biologico Jor-El. Il ragazzo quindi non si ricorda più della sua vita terrena ed è tornato sulla Terra come Kal-El con il solo intento di compiere il proprio destino.
Lex si trova in Egitto, miracolosamente sopravvissuto all’avvelenamento ordinato dal padre: per continuare a vivere deve però purificare il suo sangue dalle tossine molto spesso. Può comunque ritenersi fortunato: una tale quantità dui veleno avrebbe ucciso più del 99% di persone che l’avessero ingerito: ancora una volta il suo fisico di dimostra più forte di quello di un uomo normale.
Nel frattempo Lois Lane arriva in città per far luce sulla morte della cugina Chloe, ed è lei che ritrova Clark nel bel mezzo di un campo di grano: il ragazzo però ricorda solo di essere Kal-El e non ha alcuna memoria della sua passata vita terrena. Lois porta quindi Clark in ospedale dove si trova Martha ad assistere Jonathan, il quale giace in coma dopo gli eventi del finale della scorsa stagione. Martha vede Clark e le si getta con le braccia al collo: Clark/Kal-El sente però il richiamo di un potente cristallo appena ritrovato da Lex in Egitto e, sorprendendo Martha, si leva in volo per rubarlo dall’aereo di Lex senza essere visto. Dopodiché, lo posizione in una stanza segreta delle grotte.
Lana si trova ancora a Parigi dove ha trovato un nuovo ragazzo di nome Jason, una nuova attitudine e un misterioso tatuaggio. Infatti, mentre stava svolgendo una ricerca sulla tomba della contessa Isobel Thereaux, un fascio di luce la avvolge e la ragazza si sveglia 12 ore più tardi nel suo appartamento parigino con uno strano tatuaggio sulla schiena.
Martha, grazie all’aiuto di Bridget Crosby (un emissario del Dr. Swan) e della kryptonite nera, riesce a far riemergere il vero Clark e questo fa sì che anche Jonathan si risvegli dal coma.
Infine, Clark si reca a far visita alla tomba di Chloe dove trova Lois: esaminando la bara ai raggi x si accorge però che il corpo dell’amica non è nel suo interno. Il ragazzo comunica così a Lois che Chloe è ancora viva…
Martha: Clark ha molti lati.
Lois: Lo so, ne ho già visti parecchi.
Pilota: Cos’è? Un uccello? Un aereo?
Lana: Beh, niente dice di più “Ti amo” che il casco di una motocicletta.
Lois: Credo di far schifo per quanto riguarda il raccogliere cani abbandonati e uomini nudi. (Martha la guarda) Okay, non mi sono spiegata bene...
Lois: (Chloe) e Clark hanno avuto una storia?
Martha: Forse per un attimo...
Lionel: Sai, avevano etichettato Mussolini come un saggio...e guarda quello che gli è successo
Lex: Non dovresti ferire quello che non puoi uccidere, papà.
Lois: Sono contenta di vedere che abbiamo sorpassato lo stadio della nostra relazione nel quale i vestiti sono un optional.
Lex: Ma apparentemente non sono un uomo ordinario.
Lionel: No, non lo sei. Sei mio figlio.
Lex: Che Dio mi aiuti.
Jonathan: Puoi volare?
Clark: Kal-El può farlo. Clark Kent è ancora ancorato alla terra.
Lois: Datemi un secchione con gli occhiali.
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