I 90 MINUTI DEL FINALE DI STAGIONE COMPRENDONO ASSASSINIO, TRADIMENTO E UN INDIMENTICABILE GIORNO DEL DIPLOMA PER TUTTI - Clark comincia a capire perché è stato mandato sulla Terra dopo aver fatto un incubo che qualcosa di terribile accadrà a Smallville e si dirige alla grotte per cercare una risposta da Jor-El. Il padre biologico gli dice che deve riunire immediatamente i cristalli altrimenti un disastro di proporzioni epiche travolgerà il pianeta e neanche Clark sarà in grado di fermarlo. Nel frattempo, Lex prima aiuta Lana a scappare da Smallville dopo la morte di Genevieve Teague, poi intraprende delle azioni scioccanti per portar via il cristallo dalle mani di Lionel. Capendo che i cristalli sono connessi a Clark, Chloe cerca di fermare Lex dallo scoprire la verità.

Genevieve aspetta Lana nell’appartamento al Talon per prendere una delle tre pietre che la ragazza custodisce con sé. Le due iniziano a lottare e, proprio quando Lana sta soccombendo, la strega Isobel prende nuovamente possesso di lei e pugnala Genevieve al cuore con la pietra uccidendola. Dal momento che Isobel ha ottenuto quello che voleva, il tatuaggio scompare dalla schiena di Lana e la strega la lascia libera per sempre: in quel momento Lana riprende coscienza e capisce quello che ha appena fatto. Lex arriva in quel momento al Talon e vede quello che è successo.

Nel mentre, Clark ha un incubo che ritiene un avvertimento per il futuro. Lex si prende cura di Lana e le consiglia di andare a New York dove uno dei migliori avvocati difensori, che ha assunto per lei, la sta aspettando. Quando Lex le chiede la pietra dicendole che è pericoloso tenere con sé l’arma del delitto la ragazza si rifiuta di consegnargliela.

Il giorno seguente è il giorno della cerimonia dei diplomi: Clark e Chloe cominciano a preoccuparsi quando vedono che Lana non è lì con loro ma non hanno il tempo di approfondire la questione perché ben presto arrivano dei soldati che intimano a tutti i presenti di evacuare la zona in quanto un’altra pioggia di meteoriti sta per cadere su Smallville. Chloe e Lois se ne vanno assieme in macchina mentre i Kent e Clark tornano a casa per portare via il necessario.
Clark, convinto che quello che sta per succedere sia colpa sua, si reca alle grotte per parlare con Jor-El: questo gli rivela che le pietre erano create appositamente per lui e che la seconda pioggia di meteoriti è stata innescata quando uno degli elementi è stato macchiato con il sangue umano. Ora Clark dovrà riunire al più presto le pietre per fermare i meteoriti altrimenti anche lui morirà.
Il compito di riunire le pietre gli è facilitato da Lana che, contravvenendo all’ordine di Lex di non vedere nessuno, si reca a casa del ragazzo per consegnarli l’elemento in suo possesso dicendogli che sa che appartiene a lui e che lo ama. Clark le confessa di amarla a sua volta e i due si baciano. Clark si dirige quindi verso la grotta per inserire il secondo elemento e, quando lo fa, la pietra che teneva in tasca Lionel si illumina e gli provoca un attacco epilettico. Lex osserva la scena sbalordito e ordina ai suoi uomini di portare il padre, non si sa se ancora vivo, nelle stanze di sopra lasciandolo così in balia della pioggia di meteoriti. Prima però gli dice che ha creato il figlio che ha sempre voluto e prende l’elemento mettendolo nella cassaforte.
Clark sente il richiamo dell’ultima pietra e si dirige verso casa di Lex per prenderla mentre quest’ultimo accompagna Lana a prendere uno dei suoi elicotteri che la porteranno a New York. Quando chiede alla ragazza per l’ultima volta la pietra questa dice che non ce l’ha più. Quando Clark apre la cassaforte per prendere la pietra cade svenuto perché all’interno è contenuta molta kryptonite.

Chloe e Lois nel frattempo stanno tornando verso la residenza di Lex dopo che Chloe ha sentito la voce di quest’ultimo nella telefonata che Lana le aveva fatto per rassicurarla sulle sue condizioni. Quando un militare non le fa passare, Lois distrae il soldato per permettere alla cugina di raggiungere casa di Lex: quando Chloe arriva vede Clark svenuto e fa appena in tempo a nasconderlo trascinandolo distante dalla cassaforte perché poi arriva Lex che la obbliga ad andare con lui alle grotte convinto che la ragazza sappia molto di più di quanto vuole far credere. Clark, ora che è distante dalla kryptonite, si riprende e va a supervelocità alle grotte per inserire l’elemento mancante: Chloe impedisce a Lex di vedere la scena mettendolo a terra ma lei vede tutto.
Nel frattempo, Martha e Jonathan non possono mettersi in salvo perché Jason, ancora vivo, li minaccia dicendogli che se non confesseranno dove Clark tiene nascoste le pietre li ucciderà. Uno dei meteoriti però colpisce la fattoria lasciandoci nel dubbio se i Kent e Jason siano sopravvissuti.

Quando Clark inserisce la terza pietra, i tre elementi si riuniscono in un unico cristallo. In questo momento strane scritte in kryptoniano cominciano a passare sopra gli occhi aperti di un Lionel, non si sa se vivo o morto, steso in un letto di una delle stanze di Lex.
Uno dei meteoriti colpisce l’elicottero di Lana facendolo precipitare. La ragazza sopravvive e si trascina a fatica sopra il cratere di quella che, in apparenza, sembra essere un’enorme navicella di colore nero… che sembra aprirsi di fronte agli occhi di una esterrefatta Lana.
Quando Clark afferra il cristallo, si ritrova trasportato in uno dei poli con solo neve e ghiaccio attorno a sé. Il cristallo comincia a fluttuare indicando una direzione: Clark lo afferra e lo lancia verso quella direzione mentre la scritta “continua” appare sullo schermo…

Lois: Ho fatto un sogno la scorsa settimana di un ragazzo con addosso un mantello rosso
Clark: Sembra orribile Lois

Lois: (dopo aver detto ai Kent che andrà via per l'estate) Clark, so quanto sconvolto sei ma se potessi mantenere le lacrime a un livello minimo mi faresti un piacere.
Clark: (sorridendo) Ci proverò.

Lionel: Sai, per essere una donna senza cuore, Genevieve Teague aveva di sicuro un sacco di sangue.

Lois: Oh, dai, Clark, il tuo futuro è proprio di fronte a te. Andrai all’università del paese, ti laureerai in scienza agrarie, probabilmente studierai come materia complementare “applicazione della legge” e poi tu e Lana vi sposerete in chiesa con una piccola cerimonia.
Clark: Scusa?
Lois: E’ scritto nelle stelle e lo sai. E’ solo questione di tempo prima che tu ti unisca alla lega del bowling, cominci a gestire la fattoria di famiglia e poi, beh, tu e Lana potete far venire al mondo un piccolo Clark Jr.
Clark: Penso che tu stia avendo le allucinazioni

Lois: Ho fatto questo test sulla carriera in una rivista… è uscito che il mio lavoro perfetto sarebbe disc jockey alla radio.
Clark: Ha perfettamente senso… di certo parli un sacco, non ci sarebbero tempi morti.
Hai mai pensato al giornalismo?
Lois: Prima mi dovresti uccidere. Anche se potessi scrivere le parole correttamente, non vorrei lavorare in una redazione. In più, con la mia fortuna, probabilmente finirei seduta nella scrivania di fronte al reporter più incompetente della testata

Lois: Voglio solo che tu sappia, Clark che oggi, quando sarò seduta tra il pubblico alla tua cerimonia di diploma e tu sarai là sopra sul palco di fonte a tutte quelle persone, ti guarderò e penserò una cosa.
Clark: E cosa sarebbe?
Lois: Per favore, Dio, fa che non inciampi.

Chloe: Hai un modo di fare le cose in metà del tempo che ci metterebbe una persona normale.
Clark: Vuoi dire che non sono normale?
Chloe: No, certo che sei normale, Clark. Sei quanto più normale tu possa essere. Ora sbrighiamoci e troviamo Lana.

Jason: Sto avendo quello che chiamereste una giornata difficile.

Lois: Hey soldato! Quella è una barricata o un chiosco di limonata?

Lex: Che cosa è successo al tuo istinto di sopravvivenza, Papà? Fuoco e zolfo stanno per cadere dal cielo e tu stai sorseggiando un cocktail come se fosse una normale domenica al country club.

Lex: Puoi sentirmi, papà? Prima che tu lasci questa Terra, voglio che tu sappia… hai creato il figlio che hai sempre voluto.

Lana a Lex: Questo non ha mai avuto a che fare con la mia sicurezza, vero? Riguardava il fatto che tu volevi impossessarti di quella pietra

Jor-El: Il futuro del genere umano è nelle tue mani Kal-El

Jonathan: Tutti questi anni che io e tuo madre abbiamo passato a crescerti da un piccolo bambino con gli occhi spalancati che correva per questa fattoria all’uomo che mi è di fronte adesso, sono stati per questo momento. Fallo figliolo, rendici orgogliosi.