LEX CERCA DI COSTRUIRE UN ESERCITO DI SUPER SOLDATI - Lex sta tentando in segreto di trasformare Wes Keenan (guest star Tahmoh Penikett), un militare che è presumibilmente morto combattendo in Afghanistan, in un “super soldato” iniettandoli del DNA estratto da varie persone modificate dalla kryptonite che ha catturato. Dopo che un senatore disonesto (guest star Alan C. Peterson) minaccia di esporre i sui laboratori segreti, Lex manda Wes a uccidere il senatore ma Lois assiste all'attacco e diventa inavvertitamente il prossimo bersaglio del super soldato. Intanto, Clark cerca di convincere Lana a lasciare Lex.
L'episodio si apre con un satellite in orbita intorno alla Terra che inquadra una specifica area degli Stati Uniti corrispondente ad un laboratorio della Luthor Corporation. Lex e i suoi uomini sono all'interno della struttura e pare esserci un'emergenza. Gli uomini di guardia si dispongono e Lex si rifugia nella zona A della struttura. Su un monitor è possibile vedere la struttura della base e gli allarmi progressivi che si attivano nelle sezioni compromesse da un inspiegato attacco fino ad arrivare alla sezione occupata da Lex e due suoi collaboratori. Lex impugna un'arma e inizia a sparare ma i colpi appaiono non andare a segno rispetto ad una figura trasparente non delineata che ad un certo punto si mostra nella figura del soldato a cui si era fatto riferimento due episodi fa, il soldato Wes. L'apparente timore di Lex si tramuta subito in soddisfazione: l'essere che li attacca con è altro che il prototipo di soldato evoluto del progetto ARES finalmente operativo e in fase ultima di test, a quanto pare perfettamente riuscito.
La scena si sposta alla residenza Luthor dove Lex incontra Lana. I due discutono fino a quando non vengono interrotti dall'arrivo del senatore Burke. Quest'ultimo, con fare deciso, fa capire a Lex che non deve scherzare con lui e che non vuole essere ancora coinvolto nel progetto ARES di cui chiede l'immediata chiusura. La discussione viene origliata da una preoccupata Lana. In un ufficio della Luthor Corporation, Lionel guarda il video contenuto nella pennina USB recuperata al termine del precedente episodio. Clark irrompe nel suo ufficio per chiedergli spiegazioni sul comportamento di Lana; Lionel appare evasivo e Clark arriva a minacciarlo.
Al Taloon, Lois sta cercando di consolare con scarso successo Chloe per la partenza di Jimmy quando arriva Clark che discute brevemente con Chloe mentre Lois annuncia di avere un'interessante pista da seguire relativa ad un senatore. Di li a poco infatti la vediamo all'ingresso di un locale intrattenersi con un cameriere per raccogliere informazioni quanto il senatore Burke arriva con due guardie del corpo. Tra i due c'è una breve discussione in cui Lois accusa il senatore di aver intascato soldi sotto banco. Quest'ultimo invita i suoi scagnozzi ad allontanare Lois ma mentre la stanno prendendo il prototipo di soldato perfetto compare e uccide i tre uomini. Lois osservando attentamente l'individuo riconosce Wes, un suo vecchio amico d'infanzia.
Al Daily Planet, Chloe e Clark discutono della notizia dell'assassinio del senatore e Lois è ferita e sconvolta per l'aggressione subita. Racconta ai due amici l'accaduto e i dettagli su Wes mentre Chloe recupera informazioni su di lui scoprendo che è morto da qualche mese in Afghanistan. Il prototipo intanto ha fatto ritorno al laboratorio Luthor e viene analizzato riscontrando una piccola anomalia nelle sue onde alfa proprio mentre Lex viene informato dell'esistenza di un testimone che ha assistito all'omicidio del senatore senza però che gli venga detto che si tratta di Lois. Lex, deciso, ordina la sua uccisione e il prototipo viene impostato per l'azione.
Clark nel frattempo invita Lois alla fattoria per tenerla sotto protezione e quest'ultima chiede a Martha se può recuperare informazioni su Wes utilizzando i suoi contatti a Washington. Poco dopo che Martha ha lasciato i due ragazzi, il prototipo irrompe sulla scena e scaraventa lontano Clark rapendo Lois. Clark, incredulo per l'esito del combattimento appena perso, incontra Chloe e capisce che Lex è dietro a tutta la faccenda. Decide allora di incontrare Lana per cercare di raccogliere qualche informazione. I due si vedono segretamente e Lana racconta a Clark tutto quello che sa. Clark sta per baciare Lana quando Lex entra nella stanza costringendolo alla fuga.
Clark torna alla fattoria con Chloe e i due ricevono da Martha un fascicolo ricco di informazioni su Wes e scoprono che era assegnato ad una base militare dismessa non lontano da Metropolis. Clark decide di andare a controllarla. Nel magazzino della base il prototipo è confuso e Lois aumenta la sua confusione ricordandogli il passato trascorso assieme, le loro avventure e il loro primo bacio. Wes a questo punto si riprende e prende coscienza della sua situazione; spiega a Lois come abbiano approfittato della sua buona fede e del suo desiderio di aiutare e protegge il suo Paese. Dai laboratori della Luthor Corporation, Lex ordina però la propagazione di un segnale via satellite in grado di ripristinare le funzionalità del prototipo e così avviene. Lois riesce a fuggire ma per poco e mentre sta per essere uccisa interviene Clark che con i suoi poteri uccide Wes. Lois è disperata e Clark non può fare altro che guardarla nascosto senza poter intervenire per consolarla.
Tornato alla fattoria, Clark incontra Martha e mentre i due discutono arriva Lionel che comunica a Martha la volontà da parte del governatore di proporla come sostituta del senatore Burke per il senato Federale. Martha è prima titubante ma poi Clark la aiuta a decidere facendole presente la grande occasione che le si presenta per fare del bene.
Nella scena seguente Lana e Lex discutono perché Lex si è accorto del fatto che Lana lo spia in particolare sul progetto ARES. Lana lo tranquillizza dicendogli che non tradirebbe mai una persona che ama. L'episodio si chiude con Lois, Chloe e Clark che parlano al Daily Planet della sparizione del corpo di Wes e conseguente assenza di prove contro Lex e Lex stesso nel suo laboratorio che ordina l'autopsia per il prototipo/Wes al fine di determinare le problematiche evidenziate e non commetterle nello sviluppo futuro del progetto. Lex apre a questo punto una paratia e mette in luce centinai di esemplari pronti ad essere modificati e attivati per creare un esercito potenziato.
Lex: Ogni volta che apro il mio cuore a qualcuno a cui voglio bene, finisco per restare davvero deluso. Se… se mai mi tradissi non so cosa farei
Lana: Non farei mai del male all’uomo che amo
Clark: Dobbiamo parlare
Lionel: Clark, dovresti, uh, provare a telefonare a volte, forse sarebbe più veloce. O forse no.
Clark: Cosa sai su Lana?
Lionel: Lasciarti le cose alle spalle non è mai stata una delle tue caratteristiche principali, vero? Clark: E dire la verità non è mai stata una delle tue
Lois: Sai, inoltre la distanza è positiva per le relazioni. Questo è quanto mi hanno detto tutti i ragazzi che si sono allontanati da me.
Chloe: Lois, dovresti davvero limitarti a fare la reporter investigativa e non immischiarti con la rubrica dei consigli
Chloe (Clark corre via con la supervelocità): Si riesce mai ad abituarcisi?
Martha: Per niente
Senatore Burke: Per che giornale ha detto di lavorare, uh, Miss...
Lois: Lane…Lois Lane. Sono una reporter dell’Inquisitor
Senator Burke: L’Inquisitor? Non è un giornale. E’ materiale per ricoprire la lettiera del gatto
Clark: Se Lana era così infelice con Lex, perchè si è sposata?
Lionel: E’ sorprendente, Clark, cosa facciano le persone quando sentono di non avere altre opzioni
Clark: Se scopro che ha qualcosa a che fare con il fatto che Lana ha sposato Lex, non mi farò tanti scrupoli. Le piace questa opzione?
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